① 求贏在中國上美籍華人楊帆的現狀！~
美藉華人，11歲時隨母親移民到美國，最近一次回國是在六年前。海選晉級時喜極而泣，「Oh, My God，我可以回國了。」為其面試的評委劉二飛稱其為「中國的驕傲」。
現在約翰斯•霍普金斯大學就讀大學二級，專業為生物材料工程、企業管理。同時，任「BIOPATH 科技研發公司」 總裁。
該公司成立於 2005 年，致力於研發非殺菌性抗感染生物活性材料, 用於人體內各種導管、支架、人工晶體、心臟起搏器、隱形眼鏡、牙齒填充材料等。該項目獲美國高科技公司研發基金(NIH Small Business Innovative & Renovation Research Grant)。
楊帆獲 2004年 美國西屋科技銅牌獎； 2005 年國際INTEL 科技大賽銀牌獎；2006 年國際COLLEGIATE 發明家金牌獎； 國際小行星命名委員會以楊帆命名31815 號小行星 (Fanyang31815)。3 項專利已被美國專利局接收審理。
② tomcat 7.0配置 啟動是出現錯誤，結果啟動不了了，求指點......
①檢查是否有安裝java jdk（必須使用jdk，jre是不行的）
②檢查java的環境變數是否有配置成功
配置如下：
右鍵「計算機」，打開」計算機-屬性」，點擊「高級系統設置」，在「高級」中點擊「環境變數」，「新建」系統變數，填入name:「CLASSHOME」,value:「jdk安裝目錄」，然後再「新建」系統變數，填入name:「CLASSPATH」,value:「%CLASSHOME%\lib\dt.jar;%CLASSHOME%\lib\tools.jar」，然後修改名為「path」的系統變數，添加「;%CLASSHOME%\bin;%CLASSHOME%\jre\bin;」
③檢查tomcat7解壓後環境變數是否有配置成功（配置需要將apache-tomcat-8.0.44\lib路徑作為環境變數加入）
④在apache-tomcat-8.0.44\lib文件夾下有service.bat，運行該bat 文件，該文件會生產tomcat的服務，如果有正確運行，應該可以在「計算機-管理-服務和應用程序-服務」裡面找到名為「Apache Tomcat 7.0 Tomcat7」的服務
如果上述步驟都沒問題，服務也有了，tomcat應該是可以使用的（啟動服務這種東西不說了）。如果上述步驟完成了都不行，建議在官網重新下載安裝包重新配置，另外記得一定要檢查java jdk能否使用
③ perl 正則表達式 匹配多行的問題
看了一下你們寫的代碼，不曉得你明白了你的錯誤沒有？
你的錯誤就在於讀到joseph的時候你就把joseph那一行替換成了第二行為22的兩行，但是讀到joseph的下一行時你沒做任何處理，所以依然列印出來了。
而biojamie的看起來就對了，他讀到joseph的那一行的時候沒有急於替代，只是做了一個標記，讀到下一行的時候因為有這個標記，所以知道該替換這一行。我覺得他應該是對的。
不過我也不明白為什麼你跑不了，實在不行的話你也修改一下你的腳本，用類似的理念就行。
④ 如何安裝biopython
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BiopythonPython計算物物信息工具包使python物數據處理變更加強高效Windows安裝biopython非簡單載雙擊路點步
Linux安裝種Ubuntu(10.04)例：
：使用apt-get install式安裝
sudo apt-get install python-biopython
行命令種安裝新版本新功能能用非爽建議使用種安裝
二：使用easy_install安裝
（1）安裝python-dev現Setup script exited with error: command 『gcc』 failed with exit status 1錯誤
sudo apt-get install python-dev
（2）安裝easy_install工具
sudo apt-get install python-setuptools
（3）安裝biopython
sudo easy_install -f biopython (DIST/biopython間空格)
（4） 安裝Numpy
載numpy現新版本numpy-1.6.1.tar.gz
tar -xzvpf numpy-1.6.1.tar.gz
cd numpy-1.6.1/
python setup.py build
sudo python setup.py install
繼續安裝些其dependenciesflexReportLab等等暫裝需要候再裝
（4）改
Download Numpy1.6.1 and unpack it; using the following commands:
wget
tar -zxvf numpy-1.6.1.tar.gz
If the environment variable PYTHONPATH happens to be set, unset it (you may set it again after installing Numpy):
unset PYTHONPATH
The command that unpacks NumPy1.6.1 will have created a directory called "numpy1.6.1". Enter that directory and build the Numpy package with the help of the fortran compiler:
cd numpy-1.6.1/
python3.2 setup.py build --fcompiler=gnu95
⑤ java中classpath的值是多少
查看文章 JAVA中classPath全面解析 2009年08月22日 14:15
# 摘要
Class Path是Java執行時期環境用來搜尋類別與其它資源所用之路徑。Class Sear
ch Path（通常使用Class Path這個縮寫名稱比較為人所知）可以在呼叫SDK工具程
式時使用-classpath或者是設定CLASSPATH環境變數。建議是使用-classpath選項，
因為您可以獨立的為每一個應用程式設定，而不會影響其它的應用程式，且不會有
其它的應用程式來改變這個值。
1 C:> sdkTool -classpath classpath1;classpath2...
-或-
1 C:> set CLASSPATH=classpath1;classpath2...
在這邊：
sdkTool：是一個命令列工具程式，像是java、javac 或 javadoc.
classpath1;classpath2：指向.jar、.zip或 .class檔案的Class Path，每一個cl
asspath都應以檔名或目錄名稱（這與您所要設定的classpath有關）作結束。
* 對於一個包括.class的.jar或.zip檔案而言，class path要以.zip或.jar檔案的
名稱作結束。
* 對於一個未命名的package而言，class path要以包括所有.class檔案的目錄作結
束。
* 對於一個已命名的package而言，class path要以包括"根"package（完整packag
e名稱的第一個package）的目錄名稱作結束。
多個路徑項目要以 分號 作區隔，使用set指令，重要的是等號兩邊不可有空白。
預設的class path是目前的目錄，設定CLASSPATH變數或使用-classpath命令列選項
時會覆蓋這個預設，所以如果您要在目前的搜尋路徑中包括目前的目錄，您必須在
新設定中包括"." 。
即不是目錄也不是文件檔案（.zip或.java）的classpath會被忽略。
# 說明
class path告訴SDK工具程式與應用程式要到哪邊尋找第三元件（third-party）與
使用者定義的classes，也就是它們非Java延伸套件或非Java平台的一部份。在您使
用javac編譯器編譯類別時，需要使用class path來找出任何所需的套件 -- 預設是
目前的目錄，以方便找到這些類別。 Java2 SDK、JVM與其它的SDK工具藉由搜尋Ja
va平台、classes、其它延伸classes與class path來找到所需的classes，以這個順
序（要瞭解搜尋策略的細節，請看如何尋找Classes, How Classes Are Found），
大部份應用程式所用的類別庫就可以利用延伸套件機制（extensions mechanism）
，在您載入一個不在目前目錄的類別或它的其它子目錄且它們不在伸延伸套件機制
中時，您所要作的就是設定class path。
如果您從舊版本的SDK升級上來，在您的啟動設定中可能包括已經不再使用的CLASS
PATH設定，您必須將這些非特定應用程式的設定移除，像是classes.zip，一些使用
到Java虛擬機器的第三元件應用程式可能會更改您的CLASSPATH環境變數，以將它們
所使用的程式庫包括進去，這些設定則可以保留。
在您要求JVM或其它SDK工具程式時，您可以在使用Java工具程式時藉由-classpath
選項來改變class path，或是使用CLASSPATH環境變數來指定。建議是使用-classp
ath選項會比設定CLASSPATH環境變數來得好，因為您可以為每一個應用程式分別設
定，而不會影響其它的應 用程式，而其它應用程式也不會改變這個值。
Classes可以被儲存在目錄（資料夾）或是在文件檔案（archive files），Java平
台的classes是被儲存在rt.jar，要瞭解文件檔案的細節或是class path如何運作的
資訊，請看看稍後小節的 "瞭解class path與package名稱"。
重要、注意：一些舊版本的JDK軟體在預設的class path中包括了<jdk-dir>/class
es項目，這些目錄的存在是為了被JDK軟體使用，而不應被應用程式classes使用。
應用程式類別應該被放在JDK目錄結構之外的其它目錄，用這種方式，新的JDK就不
會強迫您重新安裝應用程式classes，為了要與舊版本相容，必須使用<jdk-dir>/c
lasses目錄作為類別庫的的應用程式，在目前的版本也可以運作，但不保證在未來
的版本中仍可以運作。
# 使用SDK工具程式的-classpath選項
SDK工具程式 java、jdb、javac與javah擁有一個-classpath項目，當執行工具程式
時，它用於取代由CLASSPATH環境變數所設定的路徑，在改變class path設定時，這
是個建議使用的選項，因為每一個應用程式可以擁有自已所需的class path，而不
會與其它應用程式相互干擾。
執行時期工具程式java也有一個 -cp 選項，這個選項是-classpath的縮寫名稱。
對於一些相當特殊的例子來說，java與javac都擁有一些項目可以讓您改變它們用來
找到專屬類別庫的路徑，然而絕大多數的使用者從未需要使用這些項目。
# 使用CLASSPATH環境變數
一般而言，建議您使用-classpath命令列選項，就如同上面所提過的，這個小節將
告讓您如何設定CLASSPATH環境變數，如果您想這麼作的話，或者是想清除之前安裝
所留下的設定。
設定 CLASSPATH：
CLASSPATH環境變數可以藉由set指令來修改，格式是：
1 set CLASSPATH=path1;path2 ....
路徑應該以磁碟機代號開始，例如C:\，用這種方式，即使您切換至另一個磁碟機也
可以找得到classes。（舉個例子來說，假如路徑項目以斜線開始而您在磁碟機D:，
那麼classes將會預期是在D:，而不是C:）
清除 CLASSPATH：
如果您的CLASSPATH環境變數已經被設定為某個值，但是並不正確，或者是您的啟動
檔案或是命令稿被設定了錯誤的路徑，您可以藉由以下來取消CLASSPATH的設定：
1 C:> set CLASSPATH=
這個指令只取消目前的命令列提示視窗CLASSPATH設定，您應當刪除或修正您的啟動
設定，以保證您在下一次操作也會有正確的CLASSPATH設定。
改變啟動設定：
如果CLASSPATH被設定於系統啟動時，設定的地方則視您所使用的作業系統而定：
作業系統方法：
*Windows 95與98 檢查autoexec.bat中的set指令
*其它（Windows NT、Windows 2000、....）使用控制台中的系統工具來設定CLASS
PATH變數
# 瞭解class path與package名稱
Java的classes被組織為packages，它們對應於檔案系統的目錄結構，但是不像檔案
系統，每當您指定一個package名稱時，您指定整個package名稱而不是部份名稱，
例如，java.awt.Button的package名稱是使用java.awt來指定。
例如，假設您要Java執行環境找到一個在 package名稱 utility.myapp 中名叫Coo
l.class的class，假如該目錄的路徑是C:\java\MyClasses\utility\myapp，您要設
定class path以包括 C:\java\MyClasses。
要執行這個應用程式，您可以使用下面的JVM指令：
1 c:> java -classpath C:\java\MyClasses utility.myapp.Cool
當應用程式執行時，JVM會使用class path設定來找到任一其它被定義於utility.m
yapp package（它被Cool類別使用）中的類別。
注意在指令中被指定的整個package名稱，這是不可能的，例如，設定class path包
括C:\java\MyClasses\utility並使用指令java myapp.Cool，這麼作並不會找到cl
ass。
（您可能會想是什麼定義了一個class的package名稱，答案是package名稱是class
的一部份，而且不可被修改，除非重新編譯）
注意：一個package指定機制的有趣的結果是，同一個package中的部份檔案可以存
在於不同的目錄，對於每一個class而言，package名稱將會相同，但是每一個檔案
的路徑將會以class path中不同的目錄開始。
目錄與文件檔案（archive files）：
當classes被儲存在目錄（資料夾），像是c:\java\MyClasses\utility\myapp，那
麼class path項目指向包括package名稱第一個元素的目錄（在這個例子中是c:\ja
va\MyClasses，因為package名稱是utility.myapp）
但是當classes被儲存在文件檔案時（a.zip或.jar檔案），class path項目就是指
向且包括.zip或.jar的檔案，例如，使用在.jar檔案中的類別庫，指令會像是：
1 C:> java -classpath C:\java\MyClasses\myclasses.jar utility.myapp.Cool
多個指定：
要尋找C:\java\MyClasses中與C:\java\OtherClasses中的classes，您可以這麼設
定class path：
1 C:> java -classpath C:\java\MyClasses;C:\java\OtherClasses ...
注意兩個路徑是以分號作區隔。
指定順序：
指定多個class path項目的順序很重要，Java解碼器（interpreter）會以class p
ath變數 中的順序來於目錄中尋找classes，在上面的例子中，Java解碼器首先會在
目錄C:\java\MyClasses中尋找所需的類別，只有在它於該目錄中找不到適當名稱的
類別時，解碼器才會於C:\java\OtherClasses目錄中尋找。
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話說回來,
我們有沒有辦法, 將一些常用的 jar file 放到一個目錄中 ex: commons-lib\
透過一個程式來自動 import commons-lib 之下的所有 jar
類似 tomcat 我們只要放到 lib 中, 程式會自動 import .
就可以 import and compile 了 ^^~
我想這是可行的.
但是現實中, 我們還要去判斷重復的 class 該如何去設定.
看來, 要去 trace tomcat sourcecode 並且修改 ^^~
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javac.exe有一個參數-extdirs可以下, 我看它的說明
很像是下了這個就可以做到自動import指定目錄下的jar檔吧
不過java.exe沒有
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LoadClass
LoadLibrary
so many so on.
JDK allows compile at runtime.
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dear biology
我要的不是 LoadLibrary , 你這樣還是需要指定你要哪個 library
應該是說, 我想要的是只要將相關的 jar file 放到一個指定的目錄.
可以少去 complie 及 run 時候不需要設定 CLASSPATH.
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剛剛測試了一下 ClassLoader 他可以把我們想要的 .jar 檔全部載入 jvm 但是有
個小問題. 那就是 Class.forName(String) 這一個不一定會找到我們要的 class.
... 需要利用 class.forName(className, initialize, classloader). 但是需要
先指定 classloader... 這個是個問題....
原因是 Class.forName(string) 會取代成 Class.forName(string, true, curren
tClass.classloader)... 如果那個 classloader 本身(還有 parent classloader
)沒有 這特定 library 存在, 那就無法抓到指定的 class.... 所以總歸 還是一次
加入 CLASSPATH 比較好... 或則只好拜託人深入研究了...
[事實你可以利用 ClassLoader 半自動達到你要的東西....]
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部分我測試用的 code: 希望多少有幫助...
java.net.URL u[]=new java.net.URL[1];
u[0]=new java.net.URL("http://localhost/onlytest.jar
);
java.net.URLClassLoader cl=java.net.URLClassLoader.newInstance(u,ClassLo
ader.getSystemClassLoader());
cl.loadClass("BioTester.BioTestClass").newInstance();
//org.apache.bcel.util.ClassLoader. //purpose?
//this will be failed: Class.forName("BioTester.something")
Object obj=Class.forName("BioTester.something",true,cl).newInstance();
//Object obj=cl.loadClass("BioTester.something").newInstance();
java.lang.reflect.Method m=obj.getClass().getMethod("aaa",null);
m.invoke(obj, null);
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你們不會不知道吧？！
JRE/lib/ext 就是這個用途啊，讓你放 third-party 的 library，JRE 啟動時會把
自動載入里頭的 jar(應該說 classloader 需要 resolve class 時會到這個目錄下
來找)。
主要的問題是，安裝 JDK 時一般人可能會裝兩個 JRE，一在 JDK 安裝目錄下的 J
RE 目錄，一在(預設) Program files 目錄下的 Java 目錄。javac.exe 使用的是
JDK 所附的 private JRE(JDK/JRE)，而執行 Java 程式則要看你的 path 定。
JDK\bin\java.exe, JDK\jre\bin\java.exe 使用的是 private JRE，program fil
es\java\jre1.x.x\bin\java.exe, WinNT(Windows)\system32\java.exe 使用的是
public JRE。javaw.exe 同上。
比較保險的做法是把 third-party library jar file 在 private JRE/public JR
E 各放一份，這樣可確保編譯時可以 resolve third-party classes，或是設定 p
ath 使得優先使用 private JRE(或乾脆就移除掉 public JRE)。
Eclipse 比較特別，你可以只把 third-party 放在 public JRE 就好，不需要放在
private JRE 也可以在編譯時讓編譯器去參考到所需要的 class。
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沒錯, 這就是我希望的功能,
擺在那邊 install 沒問題, 但是 uninstall 就會有問題了,
因為可能會有重復使用到的 jar files.
所以我希望能夠指定一個目錄
當我是個 application setup 完成之後,
目前的做法是在 run.bat 中設定相關的 CLASSPATH
此外, 對於一個 java 新手,
我也希望提供一個簡單的方法管理及部署 jar files.
避免 CLASSPATH 設定的問題.
簡單來說, 就是執行某個程式可以自由地增加目錄相當 %JAVA_HOME%/lib/ext
接著我開發我的程式或執行我的程式,
而且透過那個程式可以做一些 jar files 的管理
例如說, 優先順序, 重復剔除 等等的功能 ^^~
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我想jini兄跟Biologic兄應該都知道的...
但是我臆測可能他們認為放在JRE/lib/ext不是很恰當的方法
第一個問題就是將來使用者要自己把使用的classpath放在/jre/lib/ext
會造成使用者的困擾
二來 可能會有一些版本的沖突...
以前就有發生這個例子
就是抓了很多xml parser..
而每個裡面又包了JAXP
結果有的包舊的有的包新的..
錯誤就這樣產生了...
一般來講還是在執行的時候給classpath才是上策
至於太多lib的話
我個人還是不喜歡程式裡面用ClassLoader去抓...
我寧願提供批次檔給他執行
或是提供build.xml.. ant題供**/*.jar的寫法
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同意 popcorny 的看法, 放在 JRE/lib/ext 下可行, 但"層級"太高, 尤其如果是在
web app(tomcat) 或 J2EE 的環境底下, 必須考慮 class loading 先後順序的問題
(好像在spec中有定義.)
所以應該不會有任何一個java applicaion installation guide 要你把哪個 jar 放在
JRE/lib/ext 中
(但這好像不屬於新手區的討論 ...)
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如果說是同一套 library 不同版本的沖突問題，最基本(可能也是最好的)解法是，
替每一個 application 提供一個批次檔，指定專用的 classpath。或是寫個 clas
sloader 會依照 application 的屬性(xml file)，到特定的目錄去找 jar，但是這
沒有辦法套用在其他廠商提供的應用程式上。
一個比較可行的辦法是，寫一個 application launcher，擁有管理 jar library
及每個應用程式所倚賴的 library 的對應關系，然後要求使用者在執行任何 Java
application 時，都得透過 app launcher(app launcher 會啟動特定的 classlo
ader 來載入 app 所需要的 jar)來啟動(這很容易)。
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很多 ext package 都是要求自己設定 classpath，指示把 ext-package jar 放進
Jre/lib/ext 也是有：Java Communications API。
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"很多 ext package 都是要求自己設定 classpath ..."
這樣比較好.
"指示把 ext-package jar 放進 Jre/lib/ext 也是有 ..."
javax 是 java "extention", 個人認為比較不像 "application",
既然是 Java 的一部份, 建議直接放 jre/lib/ext 下也無可厚非,
但版本的問題可能會是 nightmare.
個人認為還是用 "application specific" classpath 好.
Application 把 jar 直接往 jre/lib/ext 放, 不是不可以, 而是*不應該*.
如果在 jre/lib/ext 下有一個 a.jar, 在classpath中有一個 a.jar,
在 WEB-INF/lib 下也有一個 a.jar,哪一個會先被用呢?
jini 兄提到的 uninstall 亦是個問題.
對新手來說, 建議把所有的 jar 往 jre/lib/ext 放可能方便些,
but may not be a good practice.
⑥ 求贏在中國上美籍華人楊帆的資料
[楊帆個人簡介]：
美藉華人，11歲時隨母親移民到美國，最近一次回國是在六年前。海選晉級時喜極而泣，「Oh, My God，我可以回國了。」為其面試的評委劉二飛稱其為「中國的驕傲」。
現在約翰斯•霍普金斯大學就讀大學二級，專業為生物材料工程、企業管理。同時，任「BIOPATH 科技研發公司」 總裁。
該公司成立於 2005 年，致力於研發非殺菌性抗感染生物活性材料, 用於人體內各種導管、支架、人工晶體、心臟起搏器、隱形眼鏡、牙齒填充材料等。該項目獲美國高科技公司研發基金(NIH Small Business Innovative & Renovation Research Grant)。
楊帆獲 2004年 美國西屋科技銅牌獎； 2005 年國際INTEL 科技大賽銀牌獎；2006 年國際COLLEGIATE 發明家金牌獎； 國際小行星命名委員會以楊帆命名31815 號小行星 (Fanyang31815)。3 項專利已被美國專利局接收審理。
⑦ 如何安裝biopython
Biopython是Python的計算分子生物學和生物信息學工具包，它使得python在生物學數據處理中變得更加強大和高效，在Windows中安裝biopython非常簡單，下載之後，雙擊然後一路點下一步就可以了。
在Linux中安裝有多種方法，以Ubuntu(10.04)為例：
方法一：使用apt-get install方式安裝
sudo apt-get install python-biopython
只有一行命令，可是這種方法安裝的不是最新版本，很多新的功能不能用，非常不爽，不建議使用這種方法安裝。
方法二：使用easy_install安裝
（1）安裝python-dev，不然會出現Setup script exited with error: command 『gcc』 failed with exit status 1錯誤
sudo apt-get install python-dev
（2）安裝easy_install工具
sudo apt-get install python-setuptools
（3）安裝biopython
sudo easy_install -f http://biopython.org/DIST/ biopython (DIST/和biopython之間有個空格)
（4） 安裝Numpy
從http://numpy.scipy.org/下載numpy，現在的最新版本是numpy-1.6.1.tar.gz
tar -xzvpf numpy-1.6.1.tar.gz
cd numpy-1.6.1/
python setup.py build
sudo python setup.py install
還可以繼續安裝一些其它的dependencies，如flex，ReportLab等等，暫時不裝，需要的時候再裝也可以。
（4）改為
Download Numpy1.6.1 and unpack it; using the following commands:
wget http://sourceforge.net/projects/numpy/files/NumPy/1.6.1/numpy-1.6.1.tar.gz
tar -zxvf numpy-1.6.1.tar.gz
If the environment variable PYTHONPATH happens to be set, unset it (you may set it again after installing Numpy):
unset PYTHONPATH
The command that unpacks NumPy1.6.1 will have created a directory called "numpy1.6.1". Enter that directory and build the Numpy package with the help of the fortran compiler:
cd numpy-1.6.1/
python3.2 setup.py build --fcompiler=gnu95
⑧ JAVA開發was not found on the java.library.path，求高手拯救！
JAVA開發遇到not found on the java.library.path可以這樣解決：
1、解壓tomcat
2、bin 目錄中有 tomcat-native.tar.gz 解壓
3、進入 bin/tomcat-native-1.1.16-src/jni/native/
4、./configure --with-apr=/usr/bin/apr-1-config --with-java-home=/usr/java/jdk1.5.0_06/ (要記得許可權 sudo ) 等號之間不要和空格， javahome 目錄根據自己的安裝目錄
5、make
6、ls .libs 查看相應的文件是否生成
7、make install (要記得許可權 sudo )
8、ls /usr/local/apr/lib 查看是否成功
9、CATALINA_OPTS="-Djava.library.path=/usr/local/apr/lib"修改一下啟動 bin/catalina.sh，加到這個文件中。
⑨ BIOCKS的中文是什麼
時鍾哈，絕對沒錯
⑩ biorad genepath系統
http://www.zlbj.com.cn/zlbj_Files.html
http://www.zlbj.com.cn/zlbj_Proct_2575929.html
這里有不少資料 可以去找找