1. 有限公司股東撤資如何清算
如果這個協議，股東都知道，那他還是股東，他想撤資，是不可以的，公司的資本是固定的內，不允許隨意減少注容冊資本的。現在就看其他股東怎麼想的，如果同意，實際就不是撤資，就是一開始就是債權債務關系，而不是股東的關系，股東以其出資額為限承擔責任，他要是想退出公司，必須把10萬元還上，然後把自己的股權賣掉。如果你們也同意他實際沒有出資，就寫個協議，說明他不是股東，把原來的協議廢止，他也不享有公司的贏利和也不用承擔公司的債務。
2. 有限責任公司股東撤資的方法
撤資前先清償債務。
現在公司法允許一人有限責任公司，但最低注冊資本要十萬。所以一方撤資之後如果注冊資本還有十萬那麼該公司還可以保留，如果不足十萬的，那要補足十萬。
3. 關於有限責任公司股東撤資的方法虧損狀態下
看章程是如何規定的。
在新公司法下，股權轉讓可以在股東之間自由進行。版股東向股東以外的人轉讓股權的權，應當取得其他股東的過半數同意，如果有誰不同意股權轉讓的，他就應當在同等條件下受讓該股權。如果章程有規定的，可以與公司法的規定有不同。
所以，如果公司章程有規定，就按規定來處理該股東的股權轉讓問題。曾為他人公司章程設計如某股東的股權不能轉讓給別人，也不能繼承。只能按原出資價格或者上年公司凈資產的比例轉讓給其他股東。這樣就能阻止惡意收購或者惡意轉讓股權，以免破壞了有限公司的人信基礎。
如果章程沒有規定，那就按上述公司法的規定來處理。