宏基因組測序價格

⑴ 宏基因組測序方法

焦磷酸測序是454高通量測序平台的測序原理,宏基因組測序是高通量測序的服務項目中的一種,就是對環境樣本中提取的總DNA直接進行測序,可以採用454或者Hiseq 2000 測序平台進行測序.454讀長長,拼接效果比較好,但是費用比較高；Hiseq2000 讀長較短,但是通量非常高,費用比較低.你可以根據自己的科研目的和經費進行選擇.

⑵ 宏基因組測序和焦磷酸測序什麼區別

宏基因組測序和焦磷酸測序什麼區別
焦磷酸測序是454高通量測序平台的測序原理，宏基因組測序是高通量測序的服務項目中的一種，就是對環境樣本中提取的總DNA直接進行測序，可以採用454或者Hiseq 2000 測序平台進行測序。454讀長長，拼接效果比較好，但是費用比較高；Hiseq2000 讀長較短，但是通量非常高，費用比較低。你可以根據自己的科研目的和經費進行選擇。

⑶ 什麼是宏基因組測序，會對臨床的診斷造成影響嗎

宏基因組測序（mNGS）是依託於高通量測序技術的病原檢測方法，與傳統方法相比，可對樣本中的所有微生物進行測序，進而綜合分析樣本中的疑似致病微生物，無需培養即可鑒定。自2014年新英格蘭雜志首次發表一例mNGS的臨床案例報道以來，國內外在臨床應用評估和方法學優化方面進展迅速。採用mNGS診斷感染性疾病也逐漸由實驗室研究進入到臨床應用，且日趨廣泛。mNGS正在逐步改變臨床醫生對感染性疾病的診療方式。由於傳統方法的局限性，60%-85%的感染患者無法獲得明確的病原診斷。 而mNGS技術的出現，極大程度上保證了病

⑷ 高通量測序分析微生物多樣性一個樣多少錢

環境樣本由於來源和條件不完全可控，每個樣品之間會存在很大的差異，即便是相同樣本的不同取樣時間和部位也會存在一定的差異。
基於高通量測序主要是為了了解樣品的菌群構成和功能分析，以及尋找不同環境之間的差異，包括菌和功能基因以及代謝。如果僅做單一樣本，很可能結論只能代表這個單一取樣樣本的信息，無法排除不同樣本重復之間的差異，也就可能得不到真正代表環境差異的結果。
所以環境樣品不僅要重復而且還應該以分組方式取盡量多的樣本以全面的代表一個環境條件下的各種變異情況。
以人類腸道菌群為例，如果僅以2個樣本進行屬一級菌群顯著性差異分析會得到50-70個顯著的差異菌群，而以5-10個樣本的分組之間進行比較一般獲得的顯著差異菌群會減少到3-10個。這表明之前以單樣本比較找到的差異菌群很大比例是樣本個體之間的差異，而不完全代表處理和環境之間的差異。
環境樣本的高通量測序包括以16s rDNA進行擴增測序的微生物菌群多樣性測序還有一類是全部測序的宏基因組測序。
我們目前的16s rDNA測序一個樣本費用在350元左右，可以完成包括菌群檢測、多樣性分析和差異分析，還可以對樣本的基因和功能進行預測分析，周期大概2周左右。
而宏基因組費用大概在1萬元左右，主要解決發現新基因，全面尋找代謝通路和新菌的基因組方面，周期要長很多基本上要2個月左右。
所以我們建議的實驗設計一般是首先選擇盡量多和廣泛代表性的樣本然後進行16s rDNA測序，在對基本菌群構成和差異變化進行分析，獲得較為明確的結果後可以選擇差異菌群或功能基因的特異性引物進行樣本的定量檢測來進一步驗證。最後對關鍵樣本進行宏基因組或宏轉錄組測序完成新基因和基因標志物的挖掘。

⑸ 宏基因組測序都能得到那些結果可以用於什麼研究

宏基因組測序，是對特定環境（或者特定生境）樣品中的微生物群體基因組進行序列的測定，以分析微生物群體基因組成及功能，解讀微生物群體的多樣性與豐度，探求微生物與環境，微生物與宿主之間的關系，發掘和研究新的、具有特定功能的基因。宏基因組測序研究避開了微生物分離培養的過程，擴展了微生物資源的利用空間，為研究微生物相互作用提供了有效工具。閱微基因採用第二代高通量測序技術進行宏基因組學研究，無需構建克隆文庫，可以直接對環境樣品中的基因組片段進行測序，這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差，簡化了宏基因組研究的基本操作，提高了測序效率，從而極大地促進了宏基因組學的發展。通過大量測序，可以獲得樣品的群落結構信息，如微生物物種在該環境下的分布情況及成員間協作關系等，通過還可以確定一些特殊的主要基於或者DNA片段。對於多個樣品，還可做相應的比較分析，發掘樣品間的相同點與不同點。
宏基因組測序，可以用於疾病研究，微生物種群分析，環境多樣性分析，遺傳多樣性分析，只要有微生物的地方，就可以用到宏基因組測序

⑹ 一般基因檢測需要多少錢

根據2019年12月9日的基因檢測價格來看，基因檢測的價格波動很大，從800元到相關基因檢測到費用高達幾十萬元的全基因組測序皆有，基因檢測的價格與檢測的內容、試劑和基因測序儀器的價格、不同檢測醫院皆有關系。

在淘寶等平台上進行兒童基因檢測的查詢，發現價格也是差距極大，從不足一百元，到高達五六千元，讓消費者很難選擇。也有機構表示，由於技術的進步，基因檢測的價格可謂是日新月異，因此，價格水分很難辨別。

(6)宏基因組測序價格擴展閱讀：

基因檢測的意義

基因檢測對某些疾病而言具有非常重要的意義，比如乳腺癌，結直腸癌，肺癌，宮頸癌等。可以發現家族易感基因，進行零級預防，延緩臨床症狀的出現。

金醫生接診的一位來自美國的女患者瑪麗，其父不到50歲時就被確診為早期胃癌，是基因MSH2陽性。瑪麗在30歲的時候也去做了胃鏡和腸鏡檢測，都沒有發現什麼問題，之後她又做了這方面基因的檢測，如果MSH2基因是陽性的話，說明她以後患胃癌的風險很高。

⑺ 宏基因組測序需要dna濃度多少

宏基因組是指特定環境中全部生物（微生物）遺傳物質的總和。宏基因組測序是利用高通量測序技術對環境樣品中全部微生物的基因組進行測定，以獲得單個樣品的飽和數據量，可進行微生物群體的基因組成及功能注釋，微生物群體的物種分類，多樣性分析，群落結構分析，樣品間的物種或基因差異以及物種間的代謝網路研究，探索微生物與環境及宿主之間的關系，發掘和研究新的具有特定功能的基因等。與傳統方法相比，基於高通量測序的宏基因組研究無需構建克隆文庫，這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差，簡化了實驗操作，提高了測序效率。此外，宏基因組測序研究擺脫了微生物分離純培養的限制，擴展了微生物資源的利用空間，為環境微生物群落的研究提供了有效工具。通過宏基因組深度測序可以揭示或估計環境中真實的物種多樣性和遺傳多樣性，挖掘具有應用價值的基因資源，應用於開發新的微生物活性物質，為研究和開發新的微生物活性物質提供有力支持。

技術流程

生物信息分析

1. 原始數據整理、過濾及質量評估

2. 基於物種豐度分析：

♦物種豐度列表

♦稀釋曲線

3. 基於物種豐度分析：

♦豐度分布曲線圖

♦生物多樣性指數（α多樣性）列表

♦物種豐度差異性分析列表

♦多樣品物種分布柱圖

♦豐度差異物種聚類分析

♦PCA圖

♦Krona圖

4. 基因豐度列表：

♦提取基因分級注釋豐度列表（KO、NOG、subsystem）

♦功能基因列表

♦生成venn圖

♦基因豐度差異性分析列表

♦豐度差異基因聚類分析

♦富集分析（KO）

樣品要求

1、樣品採集：樣品採集條件的一致是最為重要的環節，嚴格按照采樣標准采樣，采樣後立即封存樣品冷凍保存。

2、樣品DNA：環境因素異常復雜，許多物質或抑制因子影響後續PCR、測序文庫構建和序列測定，常規提取方法不一定適合，建議採用專用試劑盒提取。DNA濃度≥20 ng/μl，總量≥6 μg（熒光定量），並確保電泳檢測無明顯RNA條帶，基因組條帶清晰、完整；基因組DNA完全無降解；提供DNA電泳檢測照片，用自封袋密封後隨樣品一起送樣；組織樣品﹥1.5 g。

3、樣品保存期間切忌反復凍融。

4、送樣管務必標清樣品編號，管口使用Parafilm膜密封。

⑻ 宏基因組測序pe150組裝成500bp片段需要多少數據量

宏基因組是指特定環境中全部生物（微生物）遺傳物質的總和。宏基因組測序是利用高通量測序技術對環境樣品中全部微生物的基因組進行測定，以獲得單個樣品的飽和數據量，可進行微生物群體的基因組成及功能注釋，微生物群體的物種分類，多樣性分析，群落結構分析，樣品間的物種或基因差異以及物種間的代謝網路研究，探索微生物與環境及宿主之間的關系，發掘和研究新的具有特定功能的基因等。與傳統方法相比，基於高通量測序的宏基因組研究無需構建克隆文庫，這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差，簡化了實驗操作，提高了測序效率。此外，宏基因組測序研究擺脫了微生物分離純培養的限制，擴展了微生物資源的利用空間，為環境微生物群落的研究提供了有效工具。通過宏基因組深度測序可以揭示或估計環境中真實的物種多樣性和遺傳多樣性，挖掘具有應用價值的基因資源，應用於開發新的微生物活性物質，為研究和開發新的微生物活性物質提供有力支持。技術流程生物信息分析1.原始數據整理、過濾及質量評估2.基於物種豐度分析：♦物種豐度列表♦稀釋曲線3.基於物種豐度分析：♦豐度分布曲線圖♦生物多樣性指數（α多樣性）列表♦物種豐度差異性分析列表♦多樣品物種分布柱圖♦豐度差異物種聚類分析♦PCA圖♦Krona圖4.基因豐度列表：♦提取基因分級注釋豐度列表（KO、NOG、subsystem）♦功能基因列表♦生成venn圖♦基因豐度差異性分析列表♦豐度差異基因聚類分析♦富集分析（KO）樣品要求1、樣品採集：樣品採集條件的一致是最為重要的環節，嚴格按照采樣標准采樣，采樣後立即封存樣品冷凍保存。2、樣品DNA：環境因素異常復雜，許多物質或抑制因子影響後續PCR、測序文庫構建和序列測定，常規提取方法不一定適合，建議採用專用試劑盒提取。DNA濃度≥20ng/μl，總量≥6μg（熒光定量），並確保電泳檢測無明顯RNA條帶，基因組條帶清晰、完整；基因組DNA完全無降解；提供DNA電泳檢測照片，用自封袋密封後隨樣品一起送樣；組織樣品﹥1.5g。3、樣品保存期間切忌反復凍融。4、送樣管務必標清樣品編號，管口使用Parafilm膜密封。

⑼ 功能基因芯和宏基因組測序的區別

功能基因芯和宏基因組測序的區別
基因組，Genome，一般的定義是單倍體細胞中的全套染色體為一個基因組，或是單倍體細胞中的全部基因為一個基因組。可是基因組測序的結果發現基因編碼序列只佔整個基因組序列的很小一部分。因此，基因組應該指單倍體細胞中包括編碼序列和非編碼序列在內的全部DNA分子。說的更確切些，核基因組是單倍體細胞核內的全部 DNA分子；線粒體基因組則是一個線粒體所包含的全部DNA分子；葉綠體基因組則是一個葉綠體所包含的全部DNA分子
轉錄組（transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細胞內所有轉錄產物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉運RNA及非編碼RNA；狹義上指所有mRNA的集合。

從定義上看，很明顯，基因組一般指的是DNA（某些只含有RNA的生物除外），而轉錄組則指的是RNA。

⑽ 16S測序和宏基因組測序有什麼區別

一、16S測序原理
16S rDNA基因存在於所有細菌的基因組中，具有高度保守性。然而該基因序列還包括9個高變區（V1-V9），通過特異性引物對某一段高變區（如V3區）或某幾段高變區（如V3-V4區）進行擴增測序，然後與資料庫比對，可特異性識別細菌種類。
二、宏基因組測序原理
將基因組DNA隨機打斷成若干條500bp的小片段（類似於拼圖中的單個形狀不一的模塊），然後連接接頭（雙端120bp），在片段兩端加通用引物進行PCR擴增測序。將reads進行組裝拼接（類似於將眾多模塊拼成一副完整圖片），得到基因序列，眾多基因構成完整的基因集。同時將獲得的reads片段或組裝好的基因序列與NCBI資料庫進行比對，得到物種注釋結果。
對於16S測序而言，任何一個高變區或幾個高變區，盡管變異性再高，對於某些物種來說，這些高變區也可能十分相近，而能夠區分它們的特異性序列片段有可能不在我們的擴增區域內。換言之，非全長的可變區序列覆蓋范圍不夠導致無法鑒定到種。
宏基因組在建庫之前會先將基因組DNA隨機打斷成若干小片段，而這些小片段中總有一些能夠包含區分2個物種的基因差異序列。由於測序深度足夠深，相當於覆蓋了整個基因組的信息，因此在與NCBI資料庫比對時，就能夠注釋到相應的種水平的物種。