三方面的影響，影響如下：
1、對殼資源的影響：A股有一種獨特的炒垃圾股的文化，理念是財務越垃圾的股越有想像的空間，導致這一問題的緣由就在於上市需要極其漫長的等待以及繁瑣的審核，進而使得上市資格十分稀缺。不少公司便另闢蹊徑，收購小市值、虧損嚴重的公司，達到借殼上市的目的。君不見世紀游輪（11.12 +3.35%，買入）19個漲停，累計漲幅已達六倍，正是一個又一個的「世紀游輪」才讓殼資源有了生存空間。注冊制完全實行之後，殼資源就喪失了其稀缺性，大股東的保殼意願會降低，投資者炒垃圾股的行為也會有所改變，殼資源的價值將逐步下行。
2、對整體估值的影響：
注冊制的推出，將從根本上改變中國股市的供需關系，也將改變A股的估值體系。目前上交所的平均市盈率為17.48倍，深交所中小板平均市盈率為64倍，創業板為107倍。造成這一問題的原因也在於股市准入門檻高，20多年來只有2800家公司，而社會財富快速增長，導致錢沒有地方去，流入股市後不斷增加的資金與稀缺的供應產生矛盾，導致中小創估值偏高。注冊制推出之後，可供投資者選擇的股票將大大增加，市場估值有望逐步回歸理性。
3、注冊制下的投資機會：
近期，注冊制傳聞不斷。雖暫無明確時間表，但各項事件已經暗示，注冊制的實行為期不遠。一旦實行的話，將使得創投項目推出道路更加通暢，創投公司實現投資收益加速。而二級市場已對此有所反應，周一創投板塊受注冊制消息影響大漲4.7％就是明顯例證。因此，在注冊制推出之前，可持續關注創投概念股。