宏基因组测序价格

⑴ 宏基因组测序方法

焦磷酸测序是454高通量测序平台的测序原理,宏基因组测序是高通量测序的服务项目中的一种,就是对环境样本中提取的总DNA直接进行测序,可以采用454或者Hiseq 2000 测序平台进行测序.454读长长,拼接效果比较好,但是费用比较高；Hiseq2000 读长较短,但是通量非常高,费用比较低.你可以根据自己的科研目的和经费进行选择.

⑵ 宏基因组测序和焦磷酸测序什么区别

宏基因组测序和焦磷酸测序什么区别
焦磷酸测序是454高通量测序平台的测序原理，宏基因组测序是高通量测序的服务项目中的一种，就是对环境样本中提取的总DNA直接进行测序，可以采用454或者Hiseq 2000 测序平台进行测序。454读长长，拼接效果比较好，但是费用比较高；Hiseq2000 读长较短，但是通量非常高，费用比较低。你可以根据自己的科研目的和经费进行选择。

⑶ 什么是宏基因组测序，会对临床的诊断造成影响吗

宏基因组测序（mNGS）是依托于高通量测序技术的病原检测方法，与传统方法相比，可对样本中的所有微生物进行测序，进而综合分析样本中的疑似致病微生物，无需培养即可鉴定。自2014年新英格兰杂志首次发表一例mNGS的临床案例报道以来，国内外在临床应用评估和方法学优化方面进展迅速。采用mNGS诊断感染性疾病也逐渐由实验室研究进入到临床应用，且日趋广泛。mNGS正在逐步改变临床医生对感染性疾病的诊疗方式。由于传统方法的局限性，60%-85%的感染患者无法获得明确的病原诊断。 而mNGS技术的出现，极大程度上保证了病

⑷ 高通量测序分析微生物多样性一个样多少钱

环境样本由于来源和条件不完全可控，每个样品之间会存在很大的差异，即便是相同样本的不同取样时间和部位也会存在一定的差异。
基于高通量测序主要是为了了解样品的菌群构成和功能分析，以及寻找不同环境之间的差异，包括菌和功能基因以及代谢。如果仅做单一样本，很可能结论只能代表这个单一取样样本的信息，无法排除不同样本重复之间的差异，也就可能得不到真正代表环境差异的结果。
所以环境样品不仅要重复而且还应该以分组方式取尽量多的样本以全面的代表一个环境条件下的各种变异情况。
以人类肠道菌群为例，如果仅以2个样本进行属一级菌群显著性差异分析会得到50-70个显著的差异菌群，而以5-10个样本的分组之间进行比较一般获得的显著差异菌群会减少到3-10个。这表明之前以单样本比较找到的差异菌群很大比例是样本个体之间的差异，而不完全代表处理和环境之间的差异。
环境样本的高通量测序包括以16s rDNA进行扩增测序的微生物菌群多样性测序还有一类是全部测序的宏基因组测序。
我们目前的16s rDNA测序一个样本费用在350元左右，可以完成包括菌群检测、多样性分析和差异分析，还可以对样本的基因和功能进行预测分析，周期大概2周左右。
而宏基因组费用大概在1万元左右，主要解决发现新基因，全面寻找代谢通路和新菌的基因组方面，周期要长很多基本上要2个月左右。
所以我们建议的实验设计一般是首先选择尽量多和广泛代表性的样本然后进行16s rDNA测序，在对基本菌群构成和差异变化进行分析，获得较为明确的结果后可以选择差异菌群或功能基因的特异性引物进行样本的定量检测来进一步验证。最后对关键样本进行宏基因组或宏转录组测序完成新基因和基因标志物的挖掘。

⑸ 宏基因组测序都能得到那些结果可以用于什么研究

宏基因组测序，是对特定环境（或者特定生境）样品中的微生物群体基因组进行序列的测定，以分析微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体的多样性与丰度，探求微生物与环境，微生物与宿主之间的关系，发掘和研究新的、具有特定功能的基因。宏基因组测序研究避开了微生物分离培养的过程，扩展了微生物资源的利用空间，为研究微生物相互作用提供了有效工具。阅微基因采用第二代高通量测序技术进行宏基因组学研究，无需构建克隆文库，可以直接对环境样品中的基因组片段进行测序，这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差，简化了宏基因组研究的基本操作，提高了测序效率，从而极大地促进了宏基因组学的发展。通过大量测序，可以获得样品的群落结构信息，如微生物物种在该环境下的分布情况及成员间协作关系等，通过还可以确定一些特殊的主要基于或者DNA片段。对于多个样品，还可做相应的比较分析，发掘样品间的相同点与不同点。
宏基因组测序，可以用于疾病研究，微生物种群分析，环境多样性分析，遗传多样性分析，只要有微生物的地方，就可以用到宏基因组测序

⑹ 一般基因检测需要多少钱

根据2019年12月9日的基因检测价格来看，基因检测的价格波动很大，从800元到相关基因检测到费用高达几十万元的全基因组测序皆有，基因检测的价格与检测的内容、试剂和基因测序仪器的价格、不同检测医院皆有关系。

在淘宝等平台上进行儿童基因检测的查询，发现价格也是差距极大，从不足一百元，到高达五六千元，让消费者很难选择。也有机构表示，由于技术的进步，基因检测的价格可谓是日新月异，因此，价格水分很难辨别。

(6)宏基因组测序价格扩展阅读：

基因检测的意义

基因检测对某些疾病而言具有非常重要的意义，比如乳腺癌，结直肠癌，肺癌，宫颈癌等。可以发现家族易感基因，进行零级预防，延缓临床症状的出现。

金医生接诊的一位来自美国的女患者玛丽，其父不到50岁时就被确诊为早期胃癌，是基因MSH2阳性。玛丽在30岁的时候也去做了胃镜和肠镜检测，都没有发现什么问题，之后她又做了这方面基因的检测，如果MSH2基因是阳性的话，说明她以后患胃癌的风险很高。

⑺ 宏基因组测序需要dna浓度多少

宏基因组是指特定环境中全部生物（微生物）遗传物质的总和。宏基因组测序是利用高通量测序技术对环境样品中全部微生物的基因组进行测定，以获得单个样品的饱和数据量，可进行微生物群体的基因组成及功能注释，微生物群体的物种分类，多样性分析，群落结构分析，样品间的物种或基因差异以及物种间的代谢网络研究，探索微生物与环境及宿主之间的关系，发掘和研究新的具有特定功能的基因等。与传统方法相比，基于高通量测序的宏基因组研究无需构建克隆文库，这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差，简化了实验操作，提高了测序效率。此外，宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯培养的限制，扩展了微生物资源的利用空间，为环境微生物群落的研究提供了有效工具。通过宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性，挖掘具有应用价值的基因资源，应用于开发新的微生物活性物质，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。

技术流程

生物信息分析

1. 原始数据整理、过滤及质量评估

2. 基于物种丰度分析：

♦物种丰度列表

♦稀释曲线

3. 基于物种丰度分析：

♦丰度分布曲线图

♦生物多样性指数（α多样性）列表

♦物种丰度差异性分析列表

♦多样品物种分布柱图

♦丰度差异物种聚类分析

♦PCA图

♦Krona图

4. 基因丰度列表：

♦提取基因分级注释丰度列表（KO、NOG、subsystem）

♦功能基因列表

♦生成venn图

♦基因丰度差异性分析列表

♦丰度差异基因聚类分析

♦富集分析（KO）

样品要求

1、样品采集：样品采集条件的一致是最为重要的环节，严格按照采样标准采样，采样后立即封存样品冷冻保存。

2、样品DNA：环境因素异常复杂，许多物质或抑制因子影响后续PCR、测序文库构建和序列测定，常规提取方法不一定适合，建议采用专用试剂盒提取。DNA浓度≥20 ng/μl，总量≥6 μg（荧光定量），并确保电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整；基因组DNA完全无降解；提供DNA电泳检测照片，用自封袋密封后随样品一起送样；组织样品﹥1.5 g。

3、样品保存期间切忌反复冻融。

4、送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。

⑻ 宏基因组测序pe150组装成500bp片段需要多少数据量

宏基因组是指特定环境中全部生物（微生物）遗传物质的总和。宏基因组测序是利用高通量测序技术对环境样品中全部微生物的基因组进行测定，以获得单个样品的饱和数据量，可进行微生物群体的基因组成及功能注释，微生物群体的物种分类，多样性分析，群落结构分析，样品间的物种或基因差异以及物种间的代谢网络研究，探索微生物与环境及宿主之间的关系，发掘和研究新的具有特定功能的基因等。与传统方法相比，基于高通量测序的宏基因组研究无需构建克隆文库，这避免了文库构建过程中利用宿主菌对样品进行克隆而引起的系统偏差，简化了实验操作，提高了测序效率。此外，宏基因组测序研究摆脱了微生物分离纯培养的限制，扩展了微生物资源的利用空间，为环境微生物群落的研究提供了有效工具。通过宏基因组深度测序可以揭示或估计环境中真实的物种多样性和遗传多样性，挖掘具有应用价值的基因资源，应用于开发新的微生物活性物质，为研究和开发新的微生物活性物质提供有力支持。技术流程生物信息分析1.原始数据整理、过滤及质量评估2.基于物种丰度分析：♦物种丰度列表♦稀释曲线3.基于物种丰度分析：♦丰度分布曲线图♦生物多样性指数（α多样性）列表♦物种丰度差异性分析列表♦多样品物种分布柱图♦丰度差异物种聚类分析♦PCA图♦Krona图4.基因丰度列表：♦提取基因分级注释丰度列表（KO、NOG、subsystem）♦功能基因列表♦生成venn图♦基因丰度差异性分析列表♦丰度差异基因聚类分析♦富集分析（KO）样品要求1、样品采集：样品采集条件的一致是最为重要的环节，严格按照采样标准采样，采样后立即封存样品冷冻保存。2、样品DNA：环境因素异常复杂，许多物质或抑制因子影响后续PCR、测序文库构建和序列测定，常规提取方法不一定适合，建议采用专用试剂盒提取。DNA浓度≥20ng/μl，总量≥6μg（荧光定量），并确保电泳检测无明显RNA条带，基因组条带清晰、完整；基因组DNA完全无降解；提供DNA电泳检测照片，用自封袋密封后随样品一起送样；组织样品﹥1.5g。3、样品保存期间切忌反复冻融。4、送样管务必标清样品编号，管口使用Parafilm膜密封。

⑼ 功能基因芯和宏基因组测序的区别

功能基因芯和宏基因组测序的区别
基因组，Genome，一般的定义是单倍体细胞中的全套染色体为一个基因组，或是单倍体细胞中的全部基因为一个基因组。可是基因组测序的结果发现基因编码序列只占整个基因组序列的很小一部分。因此，基因组应该指单倍体细胞中包括编码序列和非编码序列在内的全部DNA分子。说的更确切些，核基因组是单倍体细胞核内的全部 DNA分子；线粒体基因组则是一个线粒体所包含的全部DNA分子；叶绿体基因组则是一个叶绿体所包含的全部DNA分子
转录组（transcriptome）广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA；狭义上指所有mRNA的集合。

从定义上看，很明显，基因组一般指的是DNA（某些只含有RNA的生物除外），而转录组则指的是RNA。

⑽ 16S测序和宏基因组测序有什么区别

一、16S测序原理
16S rDNA基因存在于所有细菌的基因组中，具有高度保守性。然而该基因序列还包括9个高变区（V1-V9），通过特异性引物对某一段高变区（如V3区）或某几段高变区（如V3-V4区）进行扩增测序，然后与数据库比对，可特异性识别细菌种类。
二、宏基因组测序原理
将基因组DNA随机打断成若干条500bp的小片段（类似于拼图中的单个形状不一的模块），然后连接接头（双端120bp），在片段两端加通用引物进行PCR扩增测序。将reads进行组装拼接（类似于将众多模块拼成一副完整图片），得到基因序列，众多基因构成完整的基因集。同时将获得的reads片段或组装好的基因序列与NCBI数据库进行比对，得到物种注释结果。
对于16S测序而言，任何一个高变区或几个高变区，尽管变异性再高，对于某些物种来说，这些高变区也可能十分相近，而能够区分它们的特异性序列片段有可能不在我们的扩增区域内。换言之，非全长的可变区序列覆盖范围不够导致无法鉴定到种。
宏基因组在建库之前会先将基因组DNA随机打断成若干小片段，而这些小片段中总有一些能够包含区分2个物种的基因差异序列。由于测序深度足够深，相当于覆盖了整个基因组的信息，因此在与NCBI数据库比对时，就能够注释到相应的种水平的物种。